พระราชินีแมรีไม่ทรงมีความสุขกับชีวิตสมรสกับพระเจ้าหลุยส์ซึ่งอาจจะเป็นไปได้ว่าขณะนั้นทรงตกหลุมรักชาร์ลส์ แบรนดอน ดยุคแห่งซัฟโฟล์คที่ 1 อยู่แล้ว[5] สมเด็จพระเจ้าเฮนรีที่ 8 เองก็ทรงทราบความรู้สึกของพระขนิษฐา[6] แต่ก็ยังทรงหวังจะใช้การสมรสของแมรีให้เป็นประโยชน์ทางการเมืองต่อไป ฉะนั้นเมื่อทรงส่งให้แบรนดอนไปรับตัวพระราชินีแมรีในเดือนมกราคม ค.ศ. 1515 พระองค์ก็ให้แบรนดอนให้คำสัญญาว่าจะไม่ของแมรีแต่งงาน[7] แต่แมรีและแบรนดอนก็แต่งงานกันอย่างลับๆ ในฝรั่งเศสเมื่อวันที่ 3 มีนาคม ซึ่งตามกฎแล้วก็เป็นการกระทำที่ถือว่าเป็นการกบฏต่อแผ่นดินเพราะแบรนดอนแต่งงานกับเจ้าหญิงในราชตระกูลโดยไม่ได้รับความเห็นชอบจากพระเจ้าเฮนรี พระเจ้าเฮนรีทรงมีความพิโรธเป็นอันมาก ฝ่ายองคมนตรีก็ยุให้พระองค์จับแบรนดอนและประหารชีวิต แต่คาร์ดินัลทอมัส โวลซีย์เข้ามาช่วยไกล่เกลี่ย และพระเจ้าเฮนรีเองก็โปรดปรานทั้งแบรนดอนและพระขนิษฐา ทั้งสองคนจึงถูกลงโทษเพียงเสียค่าปรับเป็นจำนวนมหาศาล (ประมาณ £7,200,000 เมื่อเทียบกับค่าเงินในปัจจุบัน) แต่ก็ได้รับการผ่อนผันบ้างต่อมา[8] แบรนดอนและแมรีสมรสกันอย่างเป็นทางการเมื่อวันที่ 13 พฤษภาคม ค.ศ. 1515 พระราชวังกรีนนิช

แม้ว่าจะทรงเสกสมรสเป็นครั้งที่สองในอังกฤษแต่แมรีก็ยังรู้จักกันในนามว่า “พระราชินีฝรั่งเศส” และไม่เป็นที่รู้จักกันตามบรรดาศักดิ์ว่าเป็น “ดัชเชสแห่งซัฟโฟล์ค” เมื่อทรงมีชีวิตอยู่[9] แมรีทรงใช้ชีวิตส่วนใหญ่ที่ที่ตั้งของดัชชีในซัฟโฟล์ค[10]

ความสัมพันธ์ระหว่างแมรีและสมเด็จพระเจ้าเฮนรีที่ 8 มาห่างเหินกันในปลายคริสต์ทศวรรษ 1520 เมื่อแมรีไม่ทรงเห็นด้วยกับการขอให้ประกาศการแต่งงานกับแคเธอรีนแห่งอารากอนเป็นโมฆะของพระเชษฐา แมรีคุ้นเคยกับพระราชินีแคเธอรีนอยู่เป็นเวลาหลายปีและไม่โปรดแอนน์ โบลีน[11] ผู้ที่ทรงรู้จักครั้งแรกในฝรั่งเศส[12]

แมรีสิ้นพระชนม์ที่คฤหาสน์เวสต์ธอร์พฮอลล์ในซัฟโฟล์คเมื่อวันที่ 25 มิถุนายน ค.ศ. 1533 พระร่างถูกบรรจุที่เบอรีเซนต์เอ็ดมันด์ในซัฟโฟล์ค แต่ต่อมาถูกย้ายไปอยู่ที่วัดเซนต์แมรีในเบอรีเซนต์เอ็ดมันด์เช่นกัน แต่สำนักสงฆ์ถูกทำลายระหว่างสมัยที่มีการการยุบอารามทั่วไปในอังกฤษ ต่อมาแบรนดอนก็สมรสกับคู่หมั้นของลูกชายที่มีอายุเพียงสิบสี่ปีและมีลูกด้วยกันสองคน